厦门大学翔安校区学院有：生命科学学院、海洋与地球学院、环境与生态学院、医学院、药学院、公共卫生学院、能源学院、国际学院&海外教育学院、航空航天学院。其它学院全部在思明校区就读。嘉庚学院的学生则在厦门大学漳州校区就读。

翔安校区位于厦门市翔安区新店镇，北依香山山脉、南临翔安南路，距思明校区34公里。