办学规模不同、教育制度不同。

1、六轨制指每个年级有六个班，而三轨制则意味着每个年级有三个班。六轨制小学的办学规模较大，每个年级的班级数量较多，能够提供更多的学位，满足更多学生的入学需求。而三轨制小学的办学规模较小，每个年级的班级数量较少，学位有限，招生范围相对较小。

2、六轨制是将小学六年级划分为六个年级轨道，每个年级轨道对应一年级的学习内容和要求，这种教育制度在教学管理和课程设置上更加细化，旨在更好地适应学生的认知和发展特点，提高教育教学质量。而三轨制则指的是一种不同于六轨制的教育制度，在教学管理、课程设置等方面存在差异。