昆明理工大学城市学院与主校区的显著区别主要体现在以下几个方面。首先，校区位置不同，主校区位于大学城，是新设立的校区，设施更加完备，而城市学院则位于一环内，交通便捷，但硬件条件相对较差，目前正在进行体育场和食堂的改建工作，宿舍已升级为6人间。

其次，学费差异明显，主校区的学费较为亲民，而城市学院的收费标准则相对较高。具体来说，经管专业学费为7000元，工科专业为8500元，艺术专业则达到了10000元。学费差异反映出两校区在教育资源和教学质量上的不同定位。

此外，培养方案也有所区别，主校区遵循的是传统的大学本科教育模式，注重理论知识的学习与研究，而城市学院则采取了高职本科的培养模式，更加强调实践能力和职业技能的培养，旨在为学生提供更加实用的教育。

综合来看，昆明理工大学城市学院与主校区在校区环境、学费标准、培养方案等方面存在显著差异，这些差异在一定程度上反映了两校区在定位、资源分配和教育理念上的不同，为学生提供了多样化的学习和发展路径。