专利使用费开具的是增值税专用发票。

专利使用费属于技术服务类收费，当企业提供专利使用权时，实际上是在提供技术服务。因此，开具发票时，应选择开具增值税专用发票。这种发票适用于纳税人提供的应税服务，包括销售货物、提供应税劳务以及应税服务。对于专利使用费而言，由于其属于技术服务的范畴，所以应当开具增值税专用发票。

当企业收到专利使用费后，需要在税务系统中进行相应的申报和记录。按照税务规定，企业需对每一项提供的服务明确标识，选择正确的税收分类编码进行开票。对于专利使用费而言，应该选择合适的税收分类编码，以确保发票的合规性。同时，企业要做好相关的账务处理工作，确保财务记录的准确性和完整性。

此外，开具专利使用费发票时，还需注意发票内容的填写要准确无误。发票上应明确标注专利名称、专利号、使用费金额等信息，确保发票信息的真实性和准确性。这不仅有利于企业的财务管理，也有助于维护专利权的合法权益。

总之，对于专利使用费而言，开具的是增值税专用发票，属于技术服务类收费。企业在开具发票时，应确保选择正确的税收分类编码，填写准确无误的发票信息，并做好相关的账务处理和财务管理工作。