在比较合肥师范学院音乐系与吉首大学音乐学院时，吉首大学显得更具优势。

首先，吉首大学作为一所历史悠久的老牌学校，其音乐学院积累了丰富的教学经验和资源，为学生提供了更优质的教育资源和学术氛围。

其次，吉首大学音乐学院的师资力量雄厚，教师队伍中不乏具有丰富实践经验的音乐家和教育专家，为学生提供个性化的教学与指导。

再者，吉首大学音乐学院在专业设置上更为丰富和全面，不仅涵盖了音乐理论、作曲、音乐表演等传统领域，还关注新兴的音乐科技与多媒体艺术等新兴领域，为学生提供了广阔的专业选择。

此外，吉首大学与国内外众多音乐院校及组织建立了广泛的合作关系，为学生提供了丰富的交流与实践机会，有助于提升学生的国际视野和专业技能。

相比于合肥师范学院音乐系，吉首大学音乐学院在教学质量、师资力量、专业设置以及国际交流等方面展现出明显的优势。因此，在比较这两所音乐学院时，吉首大学音乐学院更值得推荐。