商丘职业技术学院设有多个教学系（院、部），包括软件学院、经贸系、机电工程系、计算机系、园林食品加工系、生物工程系、语言文学系、体育与艺术系、动物工程系、汽车与建筑工程系以及五年制大专部。此外，还设有成人教育学院。

学校提供了多样化的专业课程，共计40个专业。其中包括软件技术、会计电算化、食品加工技术、畜牧兽医、园林技术、电子信息工程技术、机械制造与自动化、汽车检测与维修技术、旅游管理等专业。

这些专业的设置旨在满足不同学生的学习需求和职业规划。软件技术专业的学生将学习软件开发、项目管理等技能；会计电算化专业则注重培养学生的财务管理、会计软件操作能力；食品加工技术专业则主要教授食品加工工艺、食品质量控制等内容。

在机电工程系，学生可以学习机械设计、自动化控制等知识；计算机系则提供计算机科学、网络技术等课程。园林食品加工系的专业涵盖了园林设计、食品加工技术等。

生物工程系专注于生物技术、生物工程等课程；语言文学系则侧重于语言学、文学等领域的研究。体育与艺术系提供体育教育、艺术设计等相关专业。

动物工程系的专业包括畜牧兽医、动物营养等；汽车与建筑工程系则涵盖汽车检测与维修技术、建筑工程管理等内容。

五年制大专部为学生提供了更加深入的专业学习机会，而成人教育学院则面向在职人员，提供灵活的学习方式和课程。

这些专业的设置旨在培养具备实际操作能力和理论知识的学生，为学生未来的职业发展打下坚实基础。