两所大学性质不同，各有优势学科和专业。

福州大学是以理工科为主的综合性大学，理工科的专业当然比福建师大强。福建师大是在师范院校基础上发展起来的综合性大学，师范类专业以及文科（特别是中文、理论经济学、外语、美术音乐等专业要比福州大学强。

但由于福州大学90年代入选国家211工程院校（就是面向21世纪，国家重点建设100所左右的高等学校；福建仅厦大和福大两所），国家在政策和资金等方面予以重大支持，因此在全国各高校中的地位要比福建师大高。