3所。

1、根据查询南京市教育局官网信息显示，南京共有3所军校大学，分别是陆军工程大学：该校隶属陆军的一所副军级专业类高等教育院校，位于江苏南京。

2、解放军国际关系学院：位于南京市海淀区颐和园西路66号。

3、解放军南京陆军指挥学院：位于江苏省南京市浦口区龙盘路1号。