有区别，级别不一样，市直事业单位是一级机构，如市粮食局、档案局，党政机关所属事业单位是二级机构，如卫生局下属的防疫站，医院，市委组织部的党员电教中心等。发展空间不一样，一级机构发展空间比二级机构的发展空间大。