衡阳市雁峰区地方税务局机构设置主要由内设行政科（室）与直属机构及派出机构组成。内设行政科（室）共计7个，分别负责不同职能。办公室负责政务、文秘、综合、税收宣传、新闻发布、政务公开、网站管理、内部管理制度拟订以及局机关行政接待、物业管理等后勤服务。税政法规科负责地方各税的税政业务管理及税收政策、法律法规的督促、检查，税务行政处罚、税务行政诉讼及行政复议等工作。征管和科技发展科（发票管理科）负责税收征管法律、法规和规章制度的贯彻、征管业务的指导、发票管理等工作。收入规划核算科负责税收计划编制、税款缴（退）库情况监督、收入分析预测和重点税源监控，税收会计核算、统计核算、税收票证管理，税收收入数据的综合管理应用。财务管理科负责税务经费、装备、资产以及局机关财务管理，编报审核财务预决、算，经费拨付、政府采购、服装发放等工作。人事教育科负责人事管理、思想政治工作、教育培训、党群及离退休人员管理等。监察审计室负责纪律检查和行政监察工作，组织实施财务经费内部审计工作。

直属机构设有2个直属行政机构：办税服务中心和稽查局。办税服务中心负责税收政策宣传、咨询和解答，税务登记证件的办理和发放，税务发票的发售、代开和缴销，纳税人（或扣缴义务人）纳税申报（或扣缴申报）的受理、税收票证开具和税款（费、金）、滞纳金、罚款的征收入库，纳税人减免税审批（或备案）资料的受理、初审，减免税审批（或备案）文书的发放，征管业务数据的审核、录入和管理。稽查局负责组织辖区内税收专项检查工作，实施专项稽查，地税违法案件举报的受理和查处工作，组织或配合公检法等部门打击涉嫌偷税、逃税、抗税、骗税等税务违法案件。

派出机构税务分局则负责执行税务政策，进行税务征收管理，提供税务服务，保障税收收入，维护税法秩序，促进经济发展，确保税法有效实施。