蛋白质的二级结构包括α－螺旋、β－折叠、β－转角和无规卷曲四种。

蛋白质二级结构（secondary structure of protein）是指多肽主链骨架原子沿一定的轴盘旋或折叠而形成的特定的构象，即肽链主链骨架原子的空间位置排布，不涉及氨基酸残基侧链。蛋白质二级结构的主要形式包括α-螺旋、β-折叠、β-转角、Ω环和无规卷曲。由于蛋白质的分子量较大，因此，一个蛋白质分子的不同肽段可含有不同形式的二级结构。

维持二级结构的主要作用力为氢键。一种蛋白质的二级结构并非单纯的α螺旋或β折叠结构,而是这些不同类型构象的组合,只是不同蛋白质各占多少不同而已。

二级结构及超二级结构形式：

二级结构：

蛋白质二级结构的基本类型有α螺旋、β折叠、β转角、Ω环和无规卷曲。如血红蛋白和肌红蛋白中含有大量的α－螺旋，铁氧蛋白（ferredoxin）则不含任何的α螺旋。蛋白质中各种类型的二级结构并不是均匀地分布在蛋白质中，不同蛋白质中β折叠和β－转角的数量也有很大的变化。

超二级结构：

在蛋白质中，特别是球蛋白中，蛋白质不只是有二级结构，经常可以看到由若干相邻的二级结构单元（即α螺旋、β折叠和β转角等）组合在一起，彼此相互作用，形成有规则及在空间上能辨认的二级结构组合体，以充当三级结构的构件，称为超二级结构。最常见的超二级结构有αα、βαβ和ββ三种组合形式。