南都实验中学的课程设置主要围绕国家课程展开，语文课程涵盖了批判阅读和各类讲座，还特别提供了高考写作指导，帮助学生提高应试技巧。数学课程除了国家课程外，还加入了专题研究，并安排了各类讲座，旨在提升学生的数学思维能力和解题技巧。

文科综合（文综）课程同样以国家课程为基础，但更注重课题研究和各类讲座的参与，让学生在实践中学以致用。理科综合（理综）课程的内容更为丰富，除了国家课程、课题研究和各类讲座外，还特别增加了实验操作环节，让学生亲手实践，增强对理论知识的理解。

艺术课程方面，学校鼓励学生参与社团活动，通过实践活动培养学生的艺术兴趣和技能，但值得一提的是，学校目前并未开设日语课程。

学校在课程设置上力求全面，除了传统的语数外科目，还特别重视学生的综合素质培养，通过各类讲座、课题研究和社团活动等方式，激发学生的兴趣，拓宽他们的视野。然而，对于希望学习日语的学生来说，他们可能需要寻找其他途径来满足自己的需求。

尽管如此，南都实验中学依然提供了丰富的课程选择，以满足不同学生的需求和兴趣爱好，帮助他们在学术和个人发展中取得进步。