选择南京大学和浙江大学的经济学博士项目，在很大程度上取决于个人的需求和目标。这两所学校在经济学领域都享有较高声誉，但也存在一些区别。

首先，你可以考虑两所学校的学术声誉和研究水平。南京大学和浙江大学都是中国一流的综合性大学，在经济学领域都有一定的研究实力。你可以查阅两所学校经济学院的学术排名、教师团队和研究成果，以了解其在经济学领域的影响力和学术质量。

其次，你可以考虑两所学校的师资力量和教学资源。经济学博士项目通常需要与导师进行密切合作，因此教师团队和导师的专业背景和研究方向非常关键。你可以查阅两所学校经济学院的教师资料，了解他们的研究专长和导师资源，并结合自己的研究兴趣，选定适合自己的导师。

此外，你还可以考虑两所学校的科研环境和学术活动。经济学博士项目需要一个有利的研究和学术交流环境，包括学术会议、研讨会和期刊发表等。你可以了解两所学校经济学院的科研平台和学术活动情况，以及学生的参与度和发展机会。

最后，你还可以考虑各个方面的综合因素，例如地理位置、学费、生活成本等因素。你可以考虑自己对于学校的要求和实际情况，综合权衡后做出选择。

需要提醒的是，以上仅为一般性的建议，具体情况需要结合个人实际情况做出判断。如果你有更具体的需求或问题，欢迎进一步探讨。