选择南昌大学还是南昌工程学院的专科，首先要看你感兴趣的专业方向。南昌大学作为211工程院校，其专科教育也颇具实力，尤其是在共青城地区提供，这为学生提供了多样化的选择。然而，需要注意的是，南昌大学的专科校区位于共青城，而非南昌市区。

南昌工程学院，过去名为南昌水利水电高等专科学校，其在理工科专业尤其是水利水电、土木工程方面享有盛誉。这所学院的本科和专科教育均在同一校区，方便学生学习生活。

南昌工程学院在水利水电和土木工程领域的教学资源和研究实力都相当不错，这一点从它曾是水利部直属的三大高校之一可以看出。如果你对这些专业感兴趣，南昌工程学院无疑是不错的选择。

当然，最终的选择还要看个人的实际情况和兴趣所在。比如，如果你倾向于在南昌市区学习，那么南昌大学或许是一个更好的选择。反之，如果你对水利水电、土木工程等领域有浓厚兴趣，且愿意在南昌工程学院的校区环境中学习，那么这里无疑是一个理想的去处。

总的来说，无论是南昌大学还是南昌工程学院，都各有其特色和优势。建议你根据自己的实际情况和未来职业规划来做出决定。