1960年1月，交通部决定对一所学校进行改制，将其转变为中专，正式名称为交通部上海海运管理局南京海运学校，设立驾驶和轮机两个专业，学制为3年。然而，随着1961年3月国民经济的调整，学校因师资和设备条件的限制，交通部再次作出决定，将其改为技工学校，更名为海运技工学校，并调整专业方向，将驾驶和轮机专业改为水手和机匠专业，同时还增设了船电、车工和钳工等专业。

在1957年至1964年间，该校在归属上海海运局管理期间，通过全日制和短训班，为上海海运局培养了大批船员，总计2401人，其中包括83名指导员，84名驾驶员，85名轮机员，以及2149名船舶技术工人，其中1396人接受全日制教育，1005人通过短训班培养。

1964年8月，交通部决定该校划归交通部远洋运输局管理，并改名为南京远洋技工学校。随后在1965年，该校更名为南京远洋海员学校。到了1990年4月，学校再次更名为南京海运学校，继续由交通部远洋运输局领导。

2003年7月，经过江苏省人民政府的批准，南京海运学校与南京航运学校合并，共同组成了新的教育机构——江苏海事职业技术学院。