审核目的存在显著差异。内审着眼于改善内部管理，通过识别并纠正问题，实施预防措施来推动质量改进；而外审则侧重于对实验室质量管理体系进行合格评定，确保其具备相应能力，以便为实验室提供认证或其他服务。

审核组构成方面也有所不同。内审通常由实验室自己组织，最高管理者聘任具备资格的人员和相关成员进行审核；而外审则由第三方认可机构或客户委派审核团队，实验室认可则由经过认可机构考核确认的有资格的人员执行。

审核计划安排也不尽相同。内审可根据年度滚动计划，每月审核一两个要素，半年或一年内全面覆盖所有要素或部门；而外审则是短期内完成所有部门和要素的现场评审。

样本量和审核深度方面，内审时间较为充裕，抽取样本量较大，审核更为深入；相比之下，外审时间较短，抽取样本量和审核深度则相对较小。

不符合项分类也有区别。内审将不符合项按性质分类，包括体系性不符合、实施性不符合和效果性不符合；而外审则根据严重程度分类，分为基本符合但有缺陷和不符合。

纠正措施的处理方式也有所不同。内审不提供具体的咨询意见，但可以提供方向性建议供参考，并跟踪和验证纠正措施的完成情况；而外审则不能提供咨询，对整改措施的落实需要审核组长的认可，若存在不符合项，审核员还会派人进行复查。