湖南省财政厅的内设机构包含多个部门，以确保高效运作。其中包括:

办公室（与机关党委办公室合并），负责日常文电、会务、机要、档案管理，以及信息、宣传、保密、信访、政务公开、财务和资产管理，以及机关党群工作。

法规税政处，负责起草地方性法规、规章草案，进行法制宣传教育，制定税制改革建议，处理行政处罚听证等法律事务。

预算处，主要负责财政发展战略、预算编制，政府债务管理，以及省级预决算的编制和核拨工作。

地方财政处，参与市县财政体制设计，负责转移支付和地方政府债务管理，指导乡镇财政改革，并监督市县收支平衡。

国库处，负责国库管理和财政总预算会计核算，省级财政资金调度，以及财政总决算的汇总编制。

综合处，涉及交通、物价等预算工作，负责非税收入管理，政府性基金审批，以及财政票据和住房基金监督等。

行政政法处，负责行政、政法预算，经费管理和出国（境）经费审核等。

教科文处，负责教育、科技、文化等领域的预算管理及专项资金的使用。

工贸发展处，参与产业政策制定，负责国有资本经营预算，以及财政专项资金的管理。

农业处，负责农业、林业等领域预算，税收征收，以及专项资金和基建项目的管理工作。

经济建设处，参与投资体制改革，负责国债资金安排和财政监督。

社会保障处，负责社会保障资金的财务监管和预算编制。

外经金融处，负责外经贸、旅游等领域的财政政策，以及地方金融监管。

会计处，负责全省会计管理，包括会计人员资格核准和会计师事务所监管。

绩效评价处，承担财政支出绩效管理工作，制定评价政策和指标体系。

行政事业资产管理处，负责行政事业单位资产配置和监督管理。

农业综合开发办公室，负责农业综合开发项目的规划、预算管理和资金监管。

农村财务管理处，指导农村财务工作，监督民主理财和债务管理。

政府采购监管处，负责政府采购管理，包括目录设定、代理机构资格认定和活动监督。

监督检查局，负责财政收支和会计信息质量的监督检查。

人事教育处，负责机关人事管理、教育培训和离退休人员服务。