真菌的繁殖方式分为有性繁殖和无性繁殖。

无性繁殖是营养体不经过核配和减数分裂产生后代个体的繁殖。它的基本特征是营养繁殖通常直接由菌丝分化产生无性孢子。真菌生长发育到一定时期（一般到后期）就进行有性生殖。有性生殖是经过两个性细胞结合后细胞核产生减数分裂产生孢子的繁殖方式。

真菌的起源

真菌在地球上存在了多长时间还不清楚，对真菌的起源也没有确切的结论。真菌的有些特点和植物相似，然而在某些方面又和动物有相似之处。二十世纪80～90年代，根据营养方式的比较研究，真菌不是植物也不是动物，而是一个独立的生物类群——真菌界。

1、起源多元论：根据性器官的形态及交配方式，认为真菌来自藻类。壶菌目自原藻演化而来，水霉目演自无隔藻，毛霉演自接合藻，子囊菌和担子菌由红藻演化而来，这些藻类因丧失色素而从自养变成异养，生理的变化引起了形态的改变。这就是真菌起源的多元论观点。

2、鞭毛生物起源论：认为绝大多数真菌是起源于一种原始水生生物——鞭毛生物，单细胞，具一至数根鞭毛，有的有叶绿素和其他色素，有的无色素，具色素的演化为藻类，无色素的演化为菌类。真菌和藻类都起源于鞭毛生物。