赣州市食品药品监督管理局的内设机构包括多个部门，每个部门承担特定的职能。

首先，办公室负责机关的日常运作，如文电管理、会议组织、机要事务、档案管理等，同时包括信息管理、网络安全、综合治理、安全保密、信访工作、政务公开、督查督办、统计管理和组织宣传报道等。

人事教育科则负责机关和直属单位的人事管理，如人员编制、劳动工资、专业技术职称、档案、计划生育、外事及教育培训工作，还负责干部管理工作和机关离退休干部的事务。

法制监督科是法律监督部门，指导食品药品的依法行政，监督行政执法，处理行政复议、应诉和听证事务，负责局机关的行政执法案件审核，以及规范性文件的审核和上报备案，同时进行政策研究和法制培训及宣传。

餐饮服务监管科主要负责全市餐饮服务食品安全的监督，制定许可和监管规范，实施量化分级和分类管理制度，收集并通报食品安全状况信息，处理突发食品安全事故。

保健食品和化妆品监管科负责这两类产品的日常监管，监督质量管理规范的执行，参与相关规划的制定和实施，监测广告，处理不良事件，指导全市的管理工作。

药品注册安监科负责中药材生产、药品生产、特殊药品的监管，实施药品质量管理和标准，监督药品再评价和淘汰，以及药品不良反应和药物滥用监测。

药品流通和医疗器械监管科负责药品流通的监督，实施经营质量管理规范，管理药品广告，负责药品经营企业认证和农村药品监督网建设，同时监管医疗器械的研制、生产、经营和使用。

行政审批服务科承担行政许可工作，包括餐饮服务、保健食品、化妆品、药品经营等各类许可的审批，以及部分产品的注册初审。

稽查科（稽查分局）负责药品、医疗器械、保健食品和化妆品的稽查工作，组织监督检查和抽验，处理重大案件，参与质量安全突发事件的应急处置。

赣州市食品药品监督管理局直属分局负责章贡区和赣州开发区的药品、医疗器械、保健食品和化妆品监督管理工作。

此外，还有机关党委负责党群工作，纪检组（监察室）作为市纪委（市监察局）的派驻机构，承担纪检监察职责。