公司可以抵扣的发票包括：增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票等。

一、增值税专用发票

增值税专用发票是购买货物或接受服务时，由销售方开具给购买方的有效凭证。公司持有这种发票，其上的进项税额可以进行抵扣。这是增值税税制的核心内容之一，旨在避免重复征税，确保税收的公平性。

二、海关进口增值税专用缴款书

对于公司进口的货物，海关在征收增值税后会出具海关进口增值税专用缴款书。该缴款书上的增值税额可以作为公司的进项税额进行抵扣。这样，公司在进口环节也能享受到增值税抵扣的优惠。

三、农产品收购发票

对于公司购买的农产品，如果具备收购发票，其上的进项税额同样可以进行抵扣。这种发票通常用于农业企业的购销业务中，有利于降低农业企业的税收负担，鼓励农业发展。

四、其他可抵扣发票

除了上述发票外，还有一些特定情况下取得的发票也可以进行抵扣，如跨境应税服务取得的合法扣税凭证等。但具体哪些发票可以抵扣，还需要根据公司实际业务情况和相关税收政策来确定。因此，公司在开展业务时，应密切关注税收政策的变化，确保合规操作并充分利用税收优惠政策。

总之，公司在进行发票抵扣时，应确保所持有的发票合法、有效，并符合相关税收政策的规定。这样，公司才能充分利用税收优惠政策，降低税负，提高经济效益。