城市中的公交公司通常由相应的政府部门负责管理，具体责任单位可能因地区而异。例如，在北京，公交公司主要由北京市交通委员会运输管理局进行管理。该机构是根据《北京市人民政府办公厅关于印发北京市交通委员会主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（京政办发[2009]58号）设立的，它承担着北京市的交通运输行业管理和水上安全监管工作。

北京市交通委员会运输管理局的职责涵盖了多个方面，包括旅游车辆管理、水路运输、停车设施、公共交通、省际客运、出租车管理、货物运输、汽车租赁和汽车维修等。此外，除了公共交通管理外，协调和管理城市道路公共服务设施的设置则是由北京市市政市容管理委员会负责。该委员会还承担着本市城乡环境建设的综合协调和城市综合管理工作。

这些部门的工作确保了公交系统的顺畅运营和城市交通的有序发展。