①青霉和③酵母菌属于真菌，是微生物；

⑤草履虫是原生动物，不属于微生物；

②蚂蚁和④蝗虫属于节肢动物不属于微生物；

⑥乳酸菌也叫乳酸杆菌，是一种杆状的细菌，属于微生物．‘

从上面可以看出，①③⑥是微生物，其他都不是．

故选：A