吉林省林业勘察设计研究院的机构设置包含了多个部门和研究中心，旨在提供全方位的专业服务。首先，有负责人力资源管理的人事教育部，以及院办公室，确保日常运营的顺畅。政工部负责员工的思想政治工作，而财务审计部则负责财务管理与内部审计，确保财务的透明和合规。

生产经营部和技术质量部则关注业务发展和技术提升，确保产品质量和项目实施。档案室和网络中心负责资料管理和信息技术支持，图文中心则承担着宣传与文化建设的职责。在专业技术研发方面，研究院设有林业调查规划设计中心、林业质检中心、园林绿地工程中心和林业综合规划设计中心，为林业发展提供科学依据和创新方案。

物业服务方面，居家乐物业中心负责院区的日常维护和管理。林业电子计算中心利用现代科技推动林业数据分析，而林业生态规划设计中心和森林资源资产评估中心则关注生态环保和资源评估。环境监测工作由林业环境监测中心站和吉林林业生态定位观测研究站执行，确保环境数据的准确和及时。

服务中心提供全方位的后勤保障，而林业资源规划设计中心则聚焦于资源的合理利用与规划。野生动植物保护工程中心致力于生态保护，建筑工程设计所和工程咨询设计所负责建筑设计和项目咨询，岩土工程勘察设计公司则专攻地质勘查和设计工作。