北洋时期的高等教育机构分布广泛，其中不乏知名学府。在北京，北京大学、清华大学、燕京大学（1928年后成为国立）、辅仁大学（罗马教会）等大学引领学术风潮。北京师范大学、中国大学、朝阳学院（私立）、女子师范大学、协和医科大学（美资）等也各有特色，共同构成了京城的学术生态。

天津地区，北洋大学（今天津大学的前身）与南开大学（私立）成为学术重镇，两校对地区教育发展产生深远影响。

在唐山，交通大学（今北京交通大学）成为当地高等学府的代表。济南的山东大学，青岛的青岛大学，太原的山西大学，开封的中州大学（今河南大学的前身），则是这一区域的学术中心。

上海，复旦大学、交通大学（南洋公学）、圣约翰大学（教会）、震旦大学等学府汇集，形成多元化的教育氛围。杭州的浙江大学、钱江大学，苏州的东吴大学（教会），南京的东南大学（南京大学前身）、金陵女子大学（教会）则在东南地区各领风骚。

武汉的武汉大学，成都的华西医科大学（美资），长沙的湘雅医科大学（美资）等学府，在西南地区独树一帜，为当地及全国的教育贡献了重要力量。