解剖位置与供应区域不同、功能作用不同等。

1、舌下神经是头颈部神经系统的一条分支，起源于颌下神经节，沿颌下腺外侧分布，为舌下区的主要感觉神经，舌下神经通过颌下腺下方进入口腔底部，供应舌下区的感觉神经纤维以及舌下腺的分泌神经，而舌咽神经是颈部神经系统的一部分，起源于颈神经的第九对脑神经，沿着舌骨下缘前行，在舌样突的旁边分布，主要供应舌咽部的感觉神经纤维和肌肉神经纤维。

2、舌下神经主要负责舌下区的感觉传导，包括对舌下区的触觉、痛觉和温度感受。还负责舌下腺的分泌调节，控制舌下腺的唾液分泌，舌下神经的损伤会导致舌下区的感觉异常或舌下腺的分泌功能障碍，而舌咽神经主要参与舌咽部的运动控制，供应舌根部和咽喉的感觉神经纤维，以及控制咽喉肌肉的运动，如吞咽、发声等，舌咽神经的损伤导致舌根部和咽喉的运动障碍以及相应的感觉异常。