属于副部级单位。副部长级干部指的是公务员省部级副职干部，主要岗位包括组织部、纪检、财政等部门。中科院是国务院直属事业单位，和教育部、财政部等是平级的正部级事业单位。中科院高能物理研究所是中国科学院下辖的研究所之一，属于副部级单位。