在医疗机构，根据杀灭病原微生物的能力，可将消毒方法分为灭菌、高效消毒、中效消毒、低效消毒。 

灭菌：可杀灭一切微生物(包括细菌芽孢和真菌孢子)。其中物理方法有高压蒸汽灭菌、电离辐射灭菌等，化学制剂有甲醛、戊二醛、环氯乙烷、过氧乙酸等。

高效消毒：可杀灭外环境中致病性结核杆菌和致病性芽孢菌、病毒、真菌及其孢子。其中物理方法有紫外线照射等，化学制剂有含氯消毒剂、臭氧、二氧化氯、双长链季铵盐类等。

中效消毒：可杀灭各种致病性微生物，但不包括细菌芽孢。化学制剂有醇类、酚类、碘类等。

低效消毒：杀灭和去除细菌繁殖体及亲脂性病毒。物理方法有通风、冲洗等，化学制剂有单链季铵盐类(如苯扎溴铵)、双胍类(如氯已定)、中草药消毒剂等。