南京棋院和清源棋院都是南京知名的围棋培训机构。南京棋院有着悠久的历史，成立于1956年，隶属于江苏省体育局，是一个直属事业单位。它拥有一支经验丰富的教练团队，包括职业棋手和业余高手。南京棋院不仅注重理论知识的传授，还注重实战经验的积累，旨在培养学生的围棋技能。

相比之下，清源棋院则是一所由五位职业棋手和多位业余高手共同执教的围棋专业学校。清源棋院以培养青少年围棋选手为目标，是江苏省唯一一所获得世界比赛团体冠军和个人女子冠军的少儿围棋专业学校。该机构注重学生的个性化培养，提供个性化的教学方案，帮助学生充分发挥自己的潜力。

在教学设施方面，南京棋院拥有现代化的教学设施和宽敞的教学空间，配备了先进的围棋教学设备。清源棋院也提供了先进的教学设施，包括多媒体教室和围棋电子棋盘等，为学生提供了一个舒适的学习环境。

总体而言，南京棋院和清源棋院各有优势。南京棋院历史悠久，拥有丰富的教学经验和强大的师资力量，而清源棋院则更注重学生的个性化培养，能够为学生提供更加全面的围棋教育。选择哪个棋院取决于家长和学生的需求和偏好。家长可以结合孩子的兴趣爱好、学习目标和教学风格等因素进行选择。