菏泽有菏泽学院、菏泽医学专科学校、菏泽家政职业学院、菏泽职业学院等4所大学。

菏泽学院位于山东省菏泽市，是一所全日制普通本科高校，是数据中国“百校工程”项目建设院校，由山东省教育厅与菏泽市人民政府共建。

菏泽学院的前身是创建于1949年的冀鲁豫区第二师范学校，历史上曾更名为平原省立菏泽师范学校、山东省菏泽第一师范学校、菏泽师范专科学校。2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。2004年，教育部正式批准更名为菏泽学院。2011年，单县幼儿师范学校、郓城幼儿师范学校并入菏泽学院。2017年，学校成为省级硕士培育建设单位。

截至2022年12月，学校建有4个校区，占地面积1436亩，建筑面积59万余平方米，教学科研仪器设备总值2亿元，馆藏纸质图书220万册、期刊800余种，电子图书252万册；设有21个教学单位，开设本科专业64个；有在职教职工1713人，其中专任教师1223人；全日制本专科在校生2.6万余人。

菏泽医学专科学校位于中国牡丹之都——山东省菏泽市，是一所由山东省人民政府举办的省属公办全日制普通高等专科学校。菏泽医学专科学校的前身是1950年经国务院批准建立的平原省卫生学校；1958年，更名为菏泽地区医学专科学校，后又历经山东省菏泽地区卫生学校、山东省菏泽地区医学专科学校、山东省菏泽地区卫生学校等办学时期；1978年经国务院批准，更名为菏泽医学专科学校。截至2022年，学校占地面积共1300多亩，固定资产达8亿元，教学仪器设备值1.8亿元，图书馆馆藏纸质图书100余万册；占地1100余亩的新校区正在筹建中；设有14个教学单位，开设20个专业、3个专业方向和1个专本贯通培养专业；有全日制在校生15000余人，专任教师680余人，附院医护人员600余人。