秭归县水利局设有多个职能股室和二级单位，旨在高效推进水利工作。

局机关内部设有6个职能股室。办公室负责组织协调局机关日常工作，掌握全县水利、水保信息动态及宣传报道工作。水利股（饮水安全办公室）负责编制全县水利发展战略、中长期规划、年度水利基建计划及有关专业计划。水政股（水政监察大队）负责全县水利行业行政规范性文件的拟定，水行政执法及水法规的宣传工作。水电股负责全县水电发展规划和河道水能开发规划，制定并组织实施全县水电工程建设及管理办法。财务股指导全县水利行业的财务、会计管理和审计工作。防汛抗旱指挥部办公室作为县防汛抗旱指挥部的办事机构，负责全县日常防汛抗旱工作。

二级单位包括县水保局和县水利电力勘察设计院。县水保局成立于1983年，主要负责制定全县水土保持规划、实施水土保持综合防治项目、查处水土流失案件及水土保持科研试验培训工作。县水利电力勘察设计院拥有乙级勘察资质和丙级设计资质，从事水利电力工程的地形图测量、控制测量、工程施工放线测量及水利行业中的水库枢纽工程、引调水工程、灌溉排涝工程、河道整治工程和电力行业中的水力发电、输电工程的设计，还提供水电工程的施工技术指导、工程造价、工程管理服务。