贵港市教育局内部设有多个职能机构，以高效地履行其职责。首先，办公室负责日常运行事务，包括文书处理、会议组织、机要工作、档案管理等，并承担信息传播、宣传、法制教育、保密、信访、政务公开、后勤保障及保卫等任务，同时还履行教育局工委办公室和组织科、监察室的部分职责。

其次，人事科专门负责教师队伍的管理，涵盖学校人事制度改革、教师资格认定、人事统计、编制管理、教职工调动、人事档案、招聘录用、薪酬福利、绩效考核、职称评审、表彰奖励以及干部和教师培训等工作，对教师队伍的建设发挥关键作用。

教育经费的管理由财务基建科负责，包括教育预算的编制和决算、学校基本建设、贫困学生资助、后勤与勤工俭学、财务审计以及学校收费的监督。此科室确保教育资金的合理使用和学校设施的完善。

负责基础教育事务的是基础教育科（语言文字工作科），涵盖“两基”工作、学校规划、常规教学、教材选择、体育、卫生、艺术教育、安全教育、国防教育、普通话测试、幼儿教育、特殊教育、学籍管理和考试管理等，以及语言文字政策的实施。

而职成教科则聚焦于职业教育和成人教育，制定发展规划，管理中等职业技术学校，指导招生，负责成人文化技术教育、职业证书考试、农村教育改革、民办学校审批和学校安全等工作，促进教育的多元化发展。

最后，督导室承担着对全市教育质量的督导评估任务，包括“两基”巩固提升、义务教育达标评估、政府教育法律法规执行情况监督、学校教育管理和教学质量评估，以及民族教育和双语教学的推广等关键职责。