高安市国家税务局作为高安市税收工作的主要行政机构，采用垂直领导体制，隶属于宜春市国家税务局，级别为正科级。其机构设置包括内设机构、直属机构、事业单位和农村管理分局等多个部分。

内设机构包括九个部门：

1. 办公室，负责年度工作计划和长远规划，处理日常政务，组织会议和秘书事务，以及文电处理、后勤服务、保密等工作。同时，负责税收宣传、制度制定和机关自动化管理。

2. 人事教育股，负责人事管理，如任免、培训、监察及离退休干部事务。还负责党务、工会等工作。

3. 监察室负责纪律检查、行政监察，负责查处违法违纪案件，与纪检组合署办公。

4. 税政法规股，负责税收政策实施和管理，包括增值税、所得税、涉外税收和进出口贸易税收等。

5. 计划财务股，负责税收计划编制、税款管理、经费财务和物资装备等工作。

6. 征收管理股，负责综合性税收征管，包括税务登记、纳税申报和发票管理等。

7. 纳税评估科负责纳税评估工作，对重点企业进行评估和指导。

8. 税源管理科，负责全市范围内的税务管理和纳税服务。

9. 办税服务厅负责各类涉税事项的办理，如税务登记和咨询服务。

直属机构有稽查局，负责税务稽查工作和司法协调。

派出机构如建山分局、新街分局和八景分局，分别负责各自区域的税收征管任务。

此外，还有事业单位信息中心，负责信息系统建设和管理。