畜牧兽医系是由原云南省畜牧兽医学校（小哨）和原云南省农业学校合并升格为高职学院后成立的一个育 人部门，引领云南畜牧兽医高职教育，是学院办学的重要支柱。 历史积淀丰富，专业体系和育人体系完善，与“小哨畜牧城”山水相依，共建共荣，学习环境得天独厚，在行业界素有“云南省畜牧兽医技术人才摇蓝”的美誉。从1958年举办畜牧兽医中等教育教学以来的45年期间，先后开设过畜牧兽医、畜牧、兽医、牧草、动物防疫检疫和兽药检测等专业，培养出畜牧兽医中等专业人才及中短期技术培训（干部培训、民族培训、工人技术培训、军地两用人才培训和师资培训）共10000余人，约占云南省地县乡畜牧兽医站技术人员的70%，为云南省基层畜牧业人才的培养和畜牧业健康发展做出了巨大贡献。