四川南充地区的高等教育体系中，目前有三所本科大学。首先是西南石油大学，这所大学的主校区已经搬迁到了成都的新都区。其次是西华师范大学，这所大学拥有两个校区，分别是位于南充市的育英路校区和师大路校区。川北医学院同样也有两个校区，一个位于顺庆区的涪江路，另一个则位于高坪区的东顺路。

除了这三所本科大学外，南充还有一所职业技术学院——南充职业技术学院，该学院坐落于高坪区的小龙镇。