山东水利职业学院的专业设置广泛，涵盖了多个领域。水利工程系的专业包括水利工程、水利水电工程管理、水利水电建筑工程、工程测量技术、地籍测绘与土地管理、道路桥梁工程技术、高速铁道工程技术以及城市轨道交通工程技术。这些专业为学生提供了多样化的学习和发展机会。

建筑工程系则专注于土木工程，提供了一系列相关专业，如建筑工程技术、土木工程检测技术、建筑装饰工程技术、建设工程监理和建设工程管理。这些专业的设立旨在培养具备扎实理论基础和实践技能的建筑行业人才。

资源与环境系关注水资源的合理利用与保护，开设了水文与水资源工程、工程造价、环境工程技术、给排水工程技术、园林工程技术以及水务管理等专业。这些专业对于促进环境保护和可持续发展具有重要意义。

机电工程系涵盖了一系列工程技术领域，包括机电一体化技术、数控技术、无人机应用技术、工业机器人技术、汽车检测与维修技术、机械设计与制造、制冷与空调技术、模具设计与制造、机电设备维修与管理。这些专业为学生提供了广泛的职业选择。

信息工程系聚焦于信息技术领域，开设了电子信息工程技术、云计算技术与应用、计算机应用技术、计算机网络技术、电气自动化技术、软件技术、动漫制作技术、广告设计与制作、环境艺术设计、建筑室内设计、室内艺术设计、数字媒体艺术设计、通信技术以及软件与信息服务。这些专业为学生提供了现代信息技术领域的学习机会。

经济管理系则关注商业和金融领域，提供了会计、金融管理、投资与理财等专业。这些专业的设立旨在培养具备商业和金融知识的人才。

商务管理系则关注商务领域，开设了物流管理、酒店管理、旅游管理、商务英语、电子商务、网络营销、报关与国际货运、建筑经济管理以及资产评估与管理等专业。这些专业的设立旨在培养具备商务管理能力的人才。

国际合作部则专注于金融管理和水利工程，旨在培养具有国际视野的专业人才。