云南的航空公司有：

1. 云南祥鹏航空有限责任公司

2. 昆明航空有限责任公司

3. 瑞丽航空

以下是详细解释：

云南祥鹏航空有限责任公司：这是海南航空旗下的子公司，成立于2006年，总部位于昆明长水国际机场。它以昆明为中心，提供国内外航线服务。

昆明航空有限责任公司：这是东方航空旗下的子公司，也是云南省的主要航空公司之一。它主要经营国内航线，以及东南亚地区的国际航线，拥有现代化的机队和优质的服务。

瑞丽航空：瑞丽航空是一家基于云南的航空公司，主要经营国内航线，同时也有国际航线服务。它以瑞丽为基地，致力于提供高品质的航空服务。近年来，瑞丽航空在云南地区逐渐崭露头角，为旅客提供了更多的选择。