复旦大学的院系众多，涵盖广泛的知识领域。其中包括复旦学院，作为主校区的核心学术机构。在人文社科领域，中国语言文学系与历史学系培养了对文化与历史的深入理解。文物和博物馆系专注于文化遗产的保护与研究。旅游系则聚焦于旅游产业与文化。哲学学院探索了哲学的奥秘与智慧。经济学系、世界经济系、国际金融系、保险系、公共经济学系、国际政治系、公共行政系、政治学系，各自在经济学、国际事务、政治科学等领域提供了深入的专业教育。法学院提供了法学教育，新闻学系、广告学系、广播电视系、传播学系关注传媒领域。英语语言文学系、德语语言文学系、俄语语言文学系、翻译系、法语语言文学系、日语语言文学系、朝鲜语（韩语）等为不同语言的学习提供了平台。大学英语教学部关注英语教育的基础建设。社会发展与公共政策学院聚焦社会问题与公共政策。艺术设计系培养艺术与设计人才。数学科学学院、物理学系、现代物理研究所、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、生态与进化生物学系、遗传学和遗传工程系、微生物学与微生物工程系、生物化学系、生理学与生物物理学等科学系培养科研与技术人才。电子工程系、通信科学与工程系、光科学与工程系、光源与照明工程系、微电子学系等电子与信息工程领域提供教育。计算机科学技术学院、材料科学系、力学与工程科学系为工程与信息技术领域培养人才。财务金融系、会计学系、统计学系、产业经济学系、企业管理系、信息管理与信息系、管理科学系、市场营销系等管理与经济领域提供专业培训。上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、软件学院、微电子研究所、国际文化交流学院、复旦大学上海视觉艺术学院则在医学、健康、技术、文化交流与艺术设计等领域提供教育与研究。