重庆万州区主要高校包括：重庆三峡学院、重庆信息技术职业学院、重庆幼儿师范高等专科学校、重庆三峡医药高等专科学校。重庆三峡学院，始建于1956年，前身是四川省万县初中师资训练班，后更名并升格为本科院校。重庆信息技术职业学院，成立于2001年，以信息技术为特色，开设多个专业。重庆幼儿师范高等专科学校，创建于1914年，培养学前教育师资为主要任务。重庆三峡医药高等专科学校，始于1951年，以培养医药卫生人才为主，开设多个专业。这些高校在各自领域内有较高声誉与影响力，对万州区及重庆市教育事业贡献显著。