万州的高等教育系统包含几所主要院校：重庆三峡学院、重庆信息技术职业学院、重庆幼儿师范高等专科学校、重庆三峡医药高等专科学校。重庆三峡学院，位于万州区，作为重庆市属全日制本科院校，其历史可追溯至1956年的四川省万县初中师资训练班，后多次更名，于1994年合并为四川三峡学院并升格为本科院校。2000年，学校正式更名为重庆三峡学院。学院以本科教育为主，涵盖各类专业，致力于培养高素质人才。

重庆信息技术职业学院成立于2001年，位于重庆市万州区，是经重庆市人民政府批准、教育部备案的全日制普通高等院校。学院以信息技术为特色，开设计算机科学与技术、软件工程、网络工程、电子信息工程等专业，旨在培养信息技术领域的专业人才。

重庆幼儿师范高等专科学校，作为重庆市人民政府举办的全日制普通高等专科学校，位于万州区。学校创建于1914年，前身是四川省立第四师范学校。学校以培养学前教育师资为主要任务，开设学前教育、早期教育、小学教育等专业，为学前教育领域输送合格教师。

重庆三峡医药高等专科学校也是重庆市人民政府举办的全日制普通高等专科学校，位于万州区。学校创建于1951年，前身为万县卫生学校，以培养医药卫生人才为主。开设临床医学、中医学、药学、护理等专业，为医药卫生领域提供专业人才。

这些高等教育机构在万州的教育体系中占据重要位置，为当地及周边地区培养了大量专业人才，推动了地区教育和经济发展。