发票存根联丢失可以通过三种方法查询开票金额：

1，在开票系统内输入要查询发票的开票年度和月份查询可以查询开票明细。

2，在财务软件中也可以查询，查询到具体凭证号之后可以翻对应的凭证，查询发票的发票联。

3，可以联系经销商或者客户查询发票信息。

另外：

按照《中华人民共和国发票管理办法》第二十九条的规定，“开具发票的单位和发票个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。”

因此，销毁是要按照一定的期限和程序进行的，未按规定销毁，税务机关可以按照发票管理办法的规定给予一定程度的行政处罚。