自建厂房需要办理的税种主要包括：土地增值税、契税、增值税、企业所得税、城镇土地使用税以及印花税。

详细解释如下：

一、土地增值税

在自建厂房过程中，涉及到土地的使用和转让，因此需要缴纳土地增值税。这一税种是在土地转让环节征收，以确保土地资源的合理利用。

二、契税

由于厂房建设涉及到土地和房产的权属转移，因此也需要缴纳契税。契税是在房地产权属转移时征收的一种税，有助于调节房地产市场。

三、增值税

在厂房建设过程中的材料采购、劳务等环节产生的增值额需要缴纳增值税。增值税是对商品和服务增值部分征税，确保税收公平。

四、企业所得税

若企业有盈利，需要按照相关规定缴纳企业所得税。企业所得税是对企业经营所得收入征收的一种税，有助于鼓励企业合理经营、提高效率。

五、城镇土地使用税和印花税

此外，还需要根据当地的具体政策缴纳城镇土地使用税和印花税。这些税种的具体情况可能因地区而异，企业需要咨询当地税务部门了解具体规定。

总的来说，自建厂房需要办理的税种较多，企业在建设前应充分了解相关税收政策，确保合规纳税。同时，企业也可以咨询专业税务人员，合理进行税收筹划，以减轻税收负担。