企业在财务核算过程中，若遇到原材料采购中单独发生的运费，应当将其归入产品采购成本中的运输费用项目进行会计处理。具体而言，企业在进行账务处理时，应借记“产品采购成本-运输费”科目，而贷记“应付账款-其他-某某运输公司”科目。

在实际操作中，企业需要确保每一笔运费的记录都准确无误地反映在财务报表中，以便于管理层对成本进行有效监控。此外，企业还应建立健全的内部控制制度，确保运费的记录和支付过程透明、合规。

值得注意的是，企业在记录运费时，应当仔细核对运输合同和发票，确保费用的准确性和合法性。同时，企业还应定期进行账目核对，以确保运输费用的记录与实际情况相符，避免出现账实不符的情况。

为确保财务报表的准确性，企业还需建立相应的审计机制，定期对运费记录进行审查，确保所有费用都已正确记录并支付。通过这些措施，企业可以有效控制原材料采购成本中的运输费用，提高财务管理水平。

在日常管理中，企业应注重培养财务人员的专业技能，提高其对运输费用会计处理的理解和操作能力。同时，企业还需加强与运输公司的沟通，确保双方对运费的确认和支付流程达成一致，减少不必要的纠纷。

总之，企业单位在财务核算中，对于单独发生的运费应谨慎处理，确保其准确无误地反映在产品采购成本中，从而为企业的财务决策提供可靠依据。