如果建造师的证书登记在A公司，而社保缴纳在B公司，这种人证分离的情况会被认定为挂靠行为。一旦被认定为挂靠，证书持有者的证书可能会被吊销，且在未来五年内无法进行注册。对于情节严重的情况，根据相关法律法规，可能会被处以罚款。如果情节特别严重，甚至可能面临拘役。

具体来说，挂靠行为的认定依据是“双随机”原则，即随机抽取检查对象和随机选派执法检查人员。一旦发现挂靠行为，相关部门会依法处理。对于吊销证书的处罚，证书持有者需要等待五年才能重新注册。这种处罚不仅会影响个人的职业生涯，还会给公司带来信誉损失。

除了吊销证书和限制注册外，罚款也是对挂靠行为的处罚之一。罚款金额根据情节的严重程度有所不同，轻者可能只需缴纳一定金额的罚款，重者则可能面临较高的罚款。罚款的目的是为了警示和惩戒挂靠行为，防止类似情况再次发生。

在极端情况下，如果挂靠行为情节特别严重，除了上述处罚外，还可能面临拘役的法律后果。拘役是对违法行为的最严厉的惩罚之一，意味着相关人员需要在监狱内服刑。这种处罚不仅对个人的职业生涯产生严重影响，还会影响其家庭和社会关系。

总的来说，挂靠行为的处罚措施旨在维护建筑行业的公平性和专业性，保护消费者的权益，同时也警示所有从业人员，严格遵守相关法律法规，确保人证合一，避免挂靠行为带来的法律后果。