二级建造师证书丢失后，首先需要挂失，以防他人冒用。根据相关规定，注册建造师若因遗失或污损注册证书及执业印章，需向原注册机关申请补办。具体流程包括：在公众媒体上刊登遗失声明，并持该声明向原注册机关申请。注册机关在收到申请后，应在5个工作日内完成补办手续。复审合格后，申请材料将被移交至市住房城乡建设委注册中心，汇总并提交至行政综合服务大厅制证。

若执业印章丢失，则需要向印章公司传送制章数据。申请补办建造师执业资格证书时，需准备以下材料：登报丢失证明（需包含姓名、专业、资格证书号）、书面丢失情况说明、身份证复印件（核对原件）、2张一寸照片（如有资格证书复印件，则需提供）、资格证书复印件（如考核认定获得，则由企业在情况说明上加盖企业公章，如考试取得，则由人事部门盖章）。

值得注意的是，若资格证书被扣押或作为抵押，则不予补办。对于通过考试获得的资格证书，应将申请材料送至省人事厅进行补办。整个过程较为繁琐，建议在证书遗失后尽快采取行动，以免影响后续的职业发展。