申请军队院校毕业证书学历认证时，您需要准备以下文件：

1. 学历认证申请表；

2. 毕业证原件和复印件；

3. 若未转业，请提供军官证复印件，并注明“仅供学历认证使用，他用无效”；

4. 若已转业，请提供身份证复印件，并注明“仅供学历认证使用，他用无效”；

5. 转业证或复员证复印件（若无该证件，请提供转业审批报告复印件）。

以上文件需提交原件及复印件。

同时，还需从个人档案中准备以下资料：

1. 入伍批准书或入伍登记表复印件（成人、普通）；

2. 入学批准书或参军登记表复印件（普通）；

3. 学员登记表复印件或学员学籍管理登记表复印件（2000年后毕业者）。

如果学校已撤销，训练部证明可用学员登记表或学员学籍管理登记表复印件代替。

请注意，对于1992年起取得军队成长干部学历的，需补充提供士兵入学批准书；对于1994年起参加普通高考进入学校取得学历的，需补充提供“普通中学应届高中毕业生入军队院校批准书”。如在校学习期间无军籍身份，请在《学历认证申请表》上注明。

提交的文件及资料需完整、准确，确保信息的真实性与一致性，以顺利进行学历认证。

若在准备过程中遇到任何疑问，建议及时与相关部门沟通，确保资料齐全，避免因资料不全导致认证延迟。