虽然南京博物院不敌故宫博物院，但依然是国家一级博物馆，里面还是有很多著名的藏品的，比如说，金兽、釉里红岁寒三友纹梅瓶、透雕人鸟兽玉饰件、金蝉玉叶等。

金兽是南京博物院的镇店之宝，这只金兽是西汉时期在盱眙县马湖店村发现的，当时金兽在一个水渠中，它高十厘米左右，身长十多厘米，身宽近二十厘米，快有一千克重，含金量很高，它空腹、厚壁,经浇铸成形,是到现在为止我国出土文物中最大最重的金器，这其中金属铸造和捶击两个工艺步骤完美结合，被誉为"国之瑰宝”。

而通天之宝透雕人鸟兽玉饰件出土于1991年,昆山市赵陵山遗址77号墓中。位于昆山市张浦镇西南的赵凌山，处于长江三角洲的新石器时代遗址。这个玉饰件出土时非常隐蔽，是在墓主右脚下的一个石钺圆孔发现的。钺上部的朱色、缚痕和墓里面的朱彩图案痕迹等可以判断,石钺最开始可能是带柄器。而钺是一种由武器演变而来的代表礼仪的器具,墓主人生前拥有军事权威由这个代表。透雕人鸟兽玉饰件被猜测为是钺上附加饰件,十分珍贵，且是我国最早出土的人鸟兽图案透雕精品。

除此之外，还有明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶，这是明代陶瓷器，它在南京市江宁区东善桥响龙山的一个明代墓穴里被发现,是国宝级文物，而且是现存惟一一件带盖子，保存比较完整的洪武釉里红梅瓶。这个梅瓶不仅造型优美,器型也很完美，其中岁寒三友指松树、绿竹、梅花三种常绿植物,有很深奥的含义，象征着高洁的志向。