在实行简易计税的建筑企业中，当收到工程款并开具3%的增值税专用发票时，其账务处理需要通过借贷记账法进行。具体步骤如下：首先，借记“银行存款”账户，反映企业因收到工程款而增加的银行存款。其次，贷记“工程结算”账户，反映企业因提供服务或完成工程项目而产生的收入。这样的处理方式不仅符合财务会计原则，还能够清晰地反映企业的财务状况。

在进行账务处理的同时，需要考虑对增值税的计提和缴纳。由于简易计税下，增值税的税率为3%，因此在账务处理时，企业需要根据已收到的工程款和相应税率计算应缴纳的增值税。计算公式为：应纳增值税额 = 工程款 × 税率。在计提时，借记“税金及附加”或“应交税费”等科目，贷记“应交税费-应交增值税”科目，以反映企业对增值税的计提情况。而在实际缴纳时，借记“应交税费-应交增值税”科目，贷记“银行存款”科目，完成税款的缴纳。

在做账时，需要确保所有相关的财务信息都准确无误，包括但不限于工程款的金额、税率、应纳增值税额等。此外，企业还应定期核对财务报表，确保账务处理的准确性，以避免因计算错误或疏忽导致的财务问题。同时，了解最新的税收政策和会计准则，及时调整账务处理方法，对于避免违规操作和提高财务管理水平也至关重要。

综上所述，简易征收下开具3%工程款增值税专用发票的账务处理应遵循借贷记账法，通过借记“银行存款”、贷记“工程结算”等科目进行记录，并在计提和缴纳增值税时，准确计算应纳增值税额，及时调整财务报表。此外，企业还应加强财务管理和风险控制，确保财务信息的准确性和合规性。