让渡资产使用权的使用费收入应当按照有关合同或协议约定的收费时间和方法计算确定。（1）如果合同或协议约定一次性收取使用费，且不提供后续服务的，应当视同销售该项资产一次性确认收入;提供后续服务的，应在合同或协议规定的有效期内分期确认收入。（2）如果合同或协议约定分期收取使用费的，应按合同或协议约定的收款时间和金额或规定的收费方法计算确定的金额分期确认收入。

贵单位属于第2种情况，应分期确认收入，按收款金额3500元确认收入，并纳税。

借：银行存款 3500

贷：主营业务收入 3500

借：营业税金及附加 3500*税率

贷：应交税费--应交营业税 3500*税率

如果贵单位已按合同全额开具发票，就要全额纳税。其实应该先开3500元发票。