若公司自查调整，发现不能抵扣或不符合抵扣条件的进项税，应计入相关成本。具体操作如下：借记"原材料、包装物"等科目，贷记"应交税费--增值税--进项税转出"。若存在漏记销项税的情况，则需补记销项税。

在税务局查补税款时，依据国家税务总局关于《增值税日常稽查办法的通知》的规定，增值税一般纳税人需设立“应交税费——增值税检查调整”专门账户。针对检查后应调整的账面内容，应分别借记或贷记有关科目，以反映调整情况。所有调整事项完成后，需对“应交税费——增值税检查调整”账户进行处理，确保账户无余额。

在进行调整时，应使用以下会计分录：借记相关科目，贷记"应交税费-应交增值税（销项）"。完成调整后，需交纳税款，此时应使用以下会计分录：借记"应交税费-应交增值税（已交税金）"，贷记"现金（存款）"。