对于已认证的增值税专用发票的处理方法主要有两种情况。

首先，如果开具的发票信息完全正确，那么销货方（即工厂）应将误作废发票的销项税缴纳至主管税务局。在这一过程中，购货方可以按照正常流程进行发票认证和抵扣。

其次，如果情况允许，购货方可以将误作废的发票进项转出。之后，销货方重新开具发票，购货方则可以按照正常的发票处理流程进行操作。这一环节的具体步骤，建议由购货方与其主管税务局进行详细沟通，确保操作流程的准确性。

总之，对于已认证的增值税专用发票，处理方法主要分为两类：一类是直接缴纳销项税，另一类是进项转出并重新获取发票。具体操作时，需根据实际情况选择合适的处理方式，并与税务局保持良好沟通，确保整个流程的正确性和合规性。